Từ bể lắng, nước thải được bơm lên máy ép tách phân. Khi tới màng lọc, phần nước sẽ chảy qua và đi vào túi biogas. Còn phần vật chất khô (phân) thì trượt xuống và được ép nát bằng một mô tơ giảm tốc. Mô tơ này có thể điều chỉnh để ép phân theo những ẩm độ khác nhau và có thể đạt ẩm độ dưới 25% để làm phân bón vi sinh.
Do lượng phân mà đàn heo trong trại thải ra mỗi ngày khác nhau, nên thời gian chạy máy cũng như lượng phân thành phẩm thu được cũng khác nhau. Mỗi ngày, trại sử dụng máy ép tách phân 1 lần, thời gian chạy máy từ 1 – 2 giờ, mỗi giờ dùng hết khoảng 15 kW điện. Lượng phân bón tách ra được từ 50 – 100 bao/ngày (mỗi bao từ 20 – 25 kg).
Việc đưa vào sử dụng máy ép tách phân đã mang lại nhiều lợi ích về kinh tế lẫn môi trường. Trước hết, do phân đã được tách ra khỏi nước thải nên giảm hẳn lượng chất lắng trong túi biogas, qua đó làm giảm chi phí nạo vét hầm biogas và tăng tuổi thọ cho hầm.
Cũng nhờ phân đã được tách khỏi nước thải nên trang trại có thể giảm thể tích hầm biogas, tiết kiệm được đáng kể về chi phí xây dựng hầm. Nguồn phân tách ra khỏi nước thải rất được các cơ sở sản xuất phân vi sinh ưa chuộng vì phân đã được ép nát vụn như bột. Với giá bán bình quân 15.000 đ/bao, mỗi ngày, trại thu về 750.000 – 1.500.000 đồng.
Ngoài lợi ích kinh tế, khi sử dụng máy ép phân còn giải quyết được vấn đề môi trường, vốn đang là bài toán nhức nhối đối với ngành chăn nuôi heo. “Do lượng phân được tách ra khỏi nước thải nên giảm hẳn ô nhiễm của nước thải sau biogas”